V první polovině 90. let proběhla výstavba patrového přístavku při jihozápadním okraji haly, v místě, kde bylo původně diagnostické stanoviště a pracoviště pro mytí podvozků. K 1. březnu 1993 byly do nového objektu přestěhovány šatny mužů i žen a v lednu 1994 zde zahájila činnost i podniková psycholožka. Přístavba si vyžádala přeložení kolejového propojení 1. koleje s objízdnou kolejí. V roce 1991 byla dána do užívání pochozí lávka pro údržbu pantografů v první lodi (po obou stranách 3. koleje).

V témže roce byly kanceláře směnových výpravčích i vrchního výpravčího přestěhovány do uvolněných prostor po svářečské škole a byla vybudována nová kancelář pro vedoucího provozovny. Provedena byla i přestavba kantýny a jejího zázemí firmou Atypa, což vedlo ke zvýšení úrovně stravování zaměstnanců. Vzhledem k tomu, že brus nákolku BET 1 z počátku 60. let již byl zastaralý (generální oprava se uskutečnila v roce 1978) a vyznačoval se velkou hlučností a prašností, byl v roce 1992 vyřazen a následně zlikvidován. V únoru 1993 byl uveden do provozu nový soustruh nákolků tramvajových vozů v 1. lodi na 4. koleji.

V roce 1992 byla zahájena výstavba nové haly denního ošetření. Proto musely být provedeny terénní úpravy na východní straně vozovny a zrušila se část objízdné koleje se starým mycím rámem, včetně předjízdné koleje. Hala denního ošetření je průjezdná a vedou do ní dvě koleje, přeložená objízdná a kolej č. 26.

Obě jsou uvnitř haly spojeny pravým přejezdem, na objízdné koleji byl instalován nový mycí rám Kärcher, který byl uveden do provozu 1. září 1994, včetně čističky odpadních vod. V hale též byly vybudovány nezbytné prostory pro četu denního ošetření, včetně skladu. Celkem bylo při rekonstrukci této části kolejiště položeno v nové poloze 489 metrů kolejí a statisticky přibyla jedna výhybka. Rozjezdová výhybka na severní straně depa před halou denního ošetření má atypické provedení s předsunutými jazyky.

V roce 1993 bylo zrušeno středisko Nástrojárna a jeho úkoly v původních prostorách převzala firma Bahoza, s.r.o., která zahájila činnost 1. července téhož roku. Koncem roku 1998 se strojní část firmy přestěhovala do vozovny Pankrác. Na jaře 1994 byla dílenská kolej (v prodloužení koleje č. 7) prodloužena až mimo halu, aby se usnadnila případná manipulace s nakládáním podvozků. Dne 1. dubna 1994 byl předán do užívání nový prostorný sklad náhradních dílů na severní straně depa.

Kromě těchto staveb je vhodné připomenout nové olejové hospodářství, rekonstrukci výměníkové stanice (včetně výměny rozvodů), zateplení střechy a vrat haly depa. Položena byla nová střešní krytina a uskutečnila se výměna skel světlíku za tepelně izolační polykarbonátové desky Makrolon. Tyto akce mely významný finanční efekt v až třetinové úspoře nákladů za teplo. V letech 1996 – 1997 se uskutečnila rekonstrukce tzv. horní vrátnice, kde byly zajištěny potřebné pracovní prostory a sociální zázemí.

Palčivým problémem ale zůstával stav kolejové harfy, která (s výjimkou nejakutnějších oprav a změny vjezdových kolejí z roku 1987) zůstávala od roku 1951 vlastně stále původní! Všechny výhybky byly zastaralé, o poloměru 20 metru, často se zanášely kamením a pískem z nezpevněného a nerovného povrchu dvora, což melo za následek i častější vykolejení. V roce 1999 se podařilo získat potřebné finanční prostředky a v říjnu mohl dodavatel stavby, SSŽ, zahájit rekonstrukci. Vzhledem k velkému rozsahu prací, kdy bylo zapotřebí současně zachovat částečný provoz depa, byla celá stavba rozdělena do několika etap. Od 20. října 1999 byla do prosince vyloučena část objízdné koleje u výjezdu z haly denního ošetření. Nejnáročnější práce proběhly v roce 2000.

Od 15. března do 23. května 2000 proběhla druhá etapa. Nejdříve bylo z provozu vyřazeno kolejiště před 4. a 5. lodí a návazně, do 1. července kolejiště před 3. lodí. Také třetí etapa mela dílčí fáze. Od 26. července do 1. září proběhla úplná výluka vozovny, protože se rekonstrukční práce přenesly na vjezdovou část kolejiště. V té době byly hloubětínské tramvaje deponovány ve vozovnách Žižkov a Pankrác. Ve druhé fázi 3. etapy se od 4. září do 28. října 2000 uskutečnila rekonstrukce kolejiště před 1. a 2. lodí. Během rekonstrukce došlo k zásadní změně uspořádání kolejové harfy i uložení kolejí, osazeno bylo vyhřívání výhybek, provedlo se odvodnění celého dvora a především jeho kompletní zadláždění dlažbou Best. Kromě toho byla uskutečněna výměna trolejového vedení i stožárů včetně osazení nových vratových sekcí. Bylo vyměněno venkovní osvětlení dvora. Provedeny byly přípravy pro osazení řídícího systému automatického stavení vlakové cesty. Poslední úpravou bylo zatravnění volných ploch a výsadba keřů.

Prakticky souběžně s kompletní rekonstrukcí dvora byla zahájena další rozsáhlá stavební činnost také přímo v halách depa. Původní záměr, malování hal a oprava ochozu, musel být rozšířen na základě zjištění pracovníků Odboru dopravních cest o další nezbytné opravy. Jednalo se především o výměnu kolejí 1–5, 6 a 10, v 1. a 2. lodi (včetně nezbytných oprav kozlíků pod kolejemi), opravily se i podezdívky kolejí. Na stanovištích kontrolních prohlídek byly prohloubeny a nově obloženy pracovní šachty. Byla zrušena také stará vestavba s neužívaným kolejovým brusem a koleje č. 21 a 22 tak byly po mnoha letech opět zprovozněny.

Vzhledem k rozsahu prací se celá rekonstrukce vozovny Hloubětín protáhla až do počátku roku 2001, takže zaměstnanci depa téměř 18 měsíců pracovali ve velmi náročných podmínkách. Rekonstruované lodě budou v dalších letech jistě důstojným moderním pracovištěm. V roce 2000 byla zahájena přibližně roční rekonstrukce hloubětínské měnírny, během které její výkon nahradily dva komplety pojízdných měníren, jež byly po dobu prací přistaveny v areálu vozovny.